مهدی کروبی، در نامه‌ای به موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی خواهان موضع‌گیری این موسسه در مورد اظهارات محمد یزدی، عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، درباره زمان اعلام مرجعیت امام شده است.
محمد یزدی، رئیس پیشین قوه قضائیه ایران، در گفت‌و گو با هفته نامه پنجره گفته بود: "یکی دیگر از کارهای بسیار مهم جامعه مدرسین در قبل از پیروزی انقلاب، اعلام مرجعیت حضرت امام بود. وقتی عوامل رژیم، امام را دستگیر کردند، ایشان عنوان مرجعیت نداشتند و براساس قانون اساسی مشروطه، مراجع دارای مصونیت بودند. برای همین جامعه مدرسین بلافاصله با توجه به صلاحیت حضرت امام، در اطلاعیه‌ای اعلام کردند که امام خمینی جزو مراجع تقلید هستند و با اینکار دست ساواک را برای هرگونه تعرض به جان امام بستند."
مهدی کروبی در نامه خود به حمید انصاری، مدیر موسسه تنظیم و نشر آثار امام، این گفته های آقای یزدی را "جفایی آشکار نسبت به امام و جایگاه مرجعیت و علمی ایشان" خوانده و از این موسسه خواسته است "با در نظر گرفتن خسارت‌های احتمالی آن و برای تنویر افکار عمومی و ممانعت از تحریف تاریخی در این زمینه رسما به آن پاسخ دهد."
کروبی در ادامه نامه خود یادآور شده که بعد از فوت آیتالله بروجردی در سال ???? آیتالله خمینی یکی از کسانی بود که به عنوان مرجع تقلید مطرح شد.
آقای کروبی از جمله به گزارش‌های ساواک قم در سال‌های آخر دهه ???? خورشیدی درباره آینده مرجعیت بعد از فوت آیتالله بروجردی و همچنین گزارش روزنامه کیهان از اوضاع قم بعد از فوت آیتالله بروجردی استناد کرده است.
کروبی در نامه خود به موسسه تنظیم و نشر آثار آیتالله خمینی، همچنین به سفر دی‌ماه ???? علی امینی، نخست‌وزیر وقت، به قم برای دیدار با مراجع تقلید و از جمله دیدار او با آیتالله خمینی اشاره کرده و نوشته است: باید اذعان کرد که مرجعیت امام بر اساس سنت رایج در حوزه و با عنایت به جایگاه ممتاز ایشان در حوزه از سال ???? مطرح شد.